Bezprostředním předchůdcem Státního ústavu pro kontrolu léčiv byl "Ústav pro zkoumání léčiv", který byl ustaven již roku 1918. Laboratoře tohoto ústavu byly rozmístěny na několika pracovištích University Karlovy v Praze. Roku 1931 byly laboratoře ústavu soustředěny v areálu Státního zdravotního ústavu. Zde je ústav, v budovách 24 a 30, umístěn dodnes.
Vyhláškou Ministerstva zdravotnictví z 24. 4. 1952 byl zřízen Státní ústav pro kontrolu léčiv (SÚKL) a byl tak zcela vyčleněn z organizační struktury Státního zdravotního ústavu (SZÚ). Při této příležitosti byla činnost ústavu rozšířena i o kontrolu "zdravotních potřeb, zejména léčebných a diagnostických pomůcek a desinfekčních nebo jiných prostředků". Roku 1969 byla všechna pracoviště ústavu soustředěna v nové budově (č. 24).
Roku 1992 byly k ústavu přičleněny tzv. "laboratoře kontroly léčiv", zaměřené na kontrolu provozu lékáren, kontrolu zacházení s léčivými přípravky dodávanými do zdravotnických zařízení a kontrolu kvality surovin dodávaných do lékáren distributory. Tyto laboratoře byly dříve součástí Lékárenské služby a působily regionálně v rámci tehdejších Krajských ústavů národního zdraví. V roce 1992 ústav spolu s pracovištěm posuzujícím přístrojovou zdravotnickou techniku používanou ve zdravotnictví převzal i agendu schvalování zdravotnických přístrojů.
V roce 1997 došlo rozhodnutím ministra zdravotnictví k rozšíření této agendy na veškerou schvalovací činnost vztahující se ke všem typům zdravotnických prostředků. Rozsah činností ústavu v oblasti léčiv byl v roce 1997 upřesněn zákonem č. 79/1997 Sb., o léčivech. K dalším úpravám docházelo průběžnou novelizací tohoto zákona. V oblasti zdravotnických prostředků byl rozsah činností ústavu upraven zejména zákonem č. 123/2000 Sb. o zdravotnických prostředcích, který činnost SÚKL v této oblasti soustředil na zajištění bezpečnosti prostředků, které jsou již na trhu. Proces schvalování zdravotnických prostředků byl převeden na Ministerstvo zdravotnictví ČR.
Na základě zákona č. 138/2002 Sb., který novelizoval zákon o regulaci reklamy, se od 1. 6. 2002 stal SÚKL dozorovým orgánem pro dohled nad reklamou na humánní léčivé přípravky.
S účinností od 1. 1. 2008 byl SÚKL zákonem č. 48/1997 Sb., o veřejném zdravotním pojištění pověřen stanovováním
maximálních cen léčivých přípravků a stanovováním výše a podmínek úhrady léčivých přípravků. Od stejného
data SÚKL provádí cenovou kontrolu léčivých přípravků, potravin pro zvláštní lékařské účely a
zdravotnických prostředků.
Rozšíření činností SÚKL přinesl i zákon č. 296/2008 Sb., o lidských tkáních a buňkách, který s účinností od 18.
10. 2008 postavil SÚKL do pozice instituce zajišťující dohled nad jakostí a bezpečností lidských tkání a buněk
určených k použití u člověka.
Zatím poslední změnu v rozsahu činnosti přinesla novela zákona č. 167/1998 Sb., o návykových látkách, která rozšířila dozorové činnosti i na oblast omamných a psychotropních látek.
Ředitelé SÚKL (od roku 1952):
- od roku 1952 - Prof. PhDr. PhMr. Eduard Skarnitzl
- od roku 1959 – Ing. Jan Buriánek, Csc.
- od roku 1982 – doc. MUDr. Jiří Elis, DrSc.
- na přechodné období od 31.8.1990 – 25.2.1991 byl vedením pověřen RNDr. Jan Mikeska, CSc.
- od roku 1991 – doc. RNDr. Jiří Portych, CSc.
- od roku 1993 – RNDr. Jan Mikeska, CSc.
- od roku 1994 – MUDr. Milan Šmíd, CSc.
- na přechodné období od 12.7 2006 - 15.9.2006 byl vedením pověřen MUDr. Michal Sojka
- na přechodné období od 16.9.2006 – 31.12.2006 byla vedením pověřena RNDr. Jitka Šabartová, CSc.
- od roku 2007 – PharmDr. Martin Beneš