Základní posláním SÚKL je:
- v zájmu ochrany zdraví občanů zajišťuje, aby v ČR byla dostupná pouze farmaceuticky jakostní, účinná a bezpečná humánní léčiva.
- podílet se na tom, aby v ČR byly používány pouze bezpečné a funkční zdravotnické prostředky, a to vždy doprovázené věrohodnými odpovídajícími informacemi.
- přispívat k tomu, aby léčiva i zdravotnické prostředky byly racionálně používány, popřípadě odpovědně a eticky klinicky hodnoceny.
- dbát na vhodné uplatňování regulačních opatření tak, aby nevznikaly zbytečné překážky v dostupnosti léčiv a zdravotnických prostředků a při zavádění nových léčebných postupů.